Het onderzoek van de afdeling Wijsbegeerte is verdeeld over twee onderzoeksinstituten:

Amsterdam School for Cultural Analysis (ASCA)
Het ASCA, circa 100 leden, omvat zes onderzoeksprogramma's. Elk programma heeft drie taken:
1. Begeleiding van PhD-studenten en organisatie van cursussen
2. Organisatie wetenschappelijke discussies
3. Beoordeling van de wetenschappelijke output van de leden.
Het filosofische onderzoeksprogramma  Philosophy & Public Affairs is één van die zes onderzoeksprogramma's, waarin onder meer het volgende wordt georganiseerd:
1. PhD-cursussen, zoals Critique & Modernity
2. Collegereeks
3. Workshops, zoals Dubbele nationaliteit en Privacy

Het cluster presenteert zich in het volgende stuk: Philosophy and Public Affairs. Presentatie van een cluster

Institute for Logic, Language and Computation (ILLC)
Het ILLC is een interfacultair instituut waarin taalkundigen, filosofen, wiskundigen en informatici samenwerken. Het onderzoek aan het ILLC is interdisciplinair en probeert bruggen te slaan met andere wetenschapsgebieden zoals linguïstiek, informatica en cognitiewetenschap. Vandaar dat er veel wordt samengewerkt met onderzoekers uit andere onderzoeksinstituten zoals het ACLC, IvI en CSCA.
Er zijn 85 mensen werkzaam bij het ILLC, waaronder 43 aio's/promovendi. Het aandeel van Wijsbegeerte wordt gevormd door de taalfilosofen, logici en computerlinguistien, totaal zo'n 23 personen waaronder 12 promovendi. Ze nemen deel aan het onderzoeksprogramma Logic and Language waarbinnen "betekenis" het centrale thema is, en Language and Computation waarbinnen "natuurlijke taalverwerking" het centrale thema is.